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The President, with the consent of Congress, decided it was best to have a single independent agency so that all environmental problems could be considered as a whole. In this way, we can be sure that in reducing air pollution, for example, we don't add to water pollution or make some other environmental problem worse.
大統領が議会の承認を得て、あらゆる（すべての）環境問題を総括して（総合して）検討できるように、一つの独立した行政組織を作るのがよいと考えた。

何のために大統領はEPAを設置することを決定しましたか。

EPAを設置した目的と、手段。文末は「ため」となるから、手段は文中に「〜して」「することで」と書く。
대통령이 의회의 승인을 얻어 어떤 (모든) 환경 문제를 총괄하고 (종합하여) 검토하도록 하나의 독립적인 행정 조직을 만드는 것이 좋다고 생각했다.